这一出色探龙危的成绩也让他成为拜仁慕尼黑的目标，2001年7月，拜仁用800万欧元买来了这位冉冉升起的新星，而皮萨罗来到不莱梅时的身价不过是150万欧元。
来到拜仁后，皮萨罗延续了不莱梅时期的良好势头，他在01/02赛季第2轮对沙尔克04的比赛中打进了在拜仁的处子球，秘鲁小子很快就得到了球迷们的认可，球迷们亲切地兆辣拔辩称他为"印加之神"(IngaGod)。皮萨罗两个赛季打入37个进球，成为拜仁夺取02/03赛季联赛杯赛双冠王的重要一员。在拜仁的日子里，无论锋线搭挡是巴西人埃尔伯，还是荷兰射手马凯，皮萨罗都可以与他们很好地配合，最大限度地发挥拜仁的攻击力。无论球队成绩如何，他都是全队发挥最稳定的球员之一，几个赛季的进球数量也十分稳定。
拜仁在00/01赛季夺取冠军杯冠军后，欧战成绩逐年下滑，只能保证国内赛场的成绩。
在拜仁，皮萨罗的表现尚佳，不过这位秘鲁国脚却暴露出了状态不太稳定的弱点。常常会有一段时间的进球高峰期，随后又陷入低谷。
但在04-05赛季中，皮萨罗的状态却显得相当稳定。虽然由于受伤只参加了23场联赛，但仍然打进了11粒进球，并在冠军联赛中表现出色，为拜仁晋级8强立下了赫赫战功，正是他的梅开二度帮助德甲巨人淘汰了阿森纳。
https://so1.360tres.com/dr/220__/t017e12c8199ac0f43f.jpg皮萨罗在比赛中06/07赛季，拜仁在联赛中发挥不佳，冬歇期炒掉了时任主帅马加特，虽然在冠军联赛1/8决赛淘汰了皇马，但也仅仅止步于8强。皮萨罗与拜仁的合同在那个赛季结束后到期，由于新合同的年薪，他拒绝与拜仁续约。
皮萨罗的态度惹恼了拜仁主席鲁梅尼格，在抛出了一句"任何球员想要得到与舍甫琴科同样多的薪水，就必须在开始阶段厦达元拿出比舍甫琴科更好的表现"后，拜仁于2007年5月20日官方宣布赛季结束后皮萨罗可以自由转会。
2007年5月19日是拜仁在06-07年赛季的最后一场联赛，提炼皮萨罗取得了个人在德甲的第100个进球。这是皮萨罗最后一场为拜仁上阵，翌日拜仁宣布皮萨罗将会离队。
他01-07的6个赛季都是在拜仁慕尼黑度过的，在174场联赛中共进71个球，于2003、2005和2006年3次获得联赛和杯赛双冠王，于2001年赢得了国际足联洲际杯。